Organizator opisuje Malowane Lato jako animacyjno-edukacyjny projekt realizowany w małych miejscowościach i wsiach województwa mazowieckiego. W kolejnych edycjach projekt może wracać do tych samych miejsc, ale jednym z celów jest aktywizacja nowych społeczności. Współorganizatorami bywają gminne biblioteki, szkoły i stowarzyszenia, które zapewniają lokal i warunki do pracy z dziećmi. Realizacja odbywa się w porozumieniu z lokalnymi partnerami.
Opis przewiduje, że podstawą programu są warsztaty plastyczne dla dzieci i młodzieży, prowadzone przez wykwalifikowaną kadrę – pedagogów, artystów lub instruktorów. Według organizatora zajęcia odbywają się w okresie wakacyjnym, zwykle w lipcu i sierpniu. Zajęcia mają formę cykli trwających około dwóch tygodni; odbywają się trzy razy w tygodniu i zajmują co najmniej cztery godziny dziennie. Grupy są ograniczone do maksymalnie dwudziestu uczestników, co ułatwia pracę w mniejszych zespołach.
W ramach warsztatów uczestnicy poznają tradycyjne oraz mniej typowe techniki plastyczne, a efekty pracy eksponowane są na lokalnych wystawach końcowych. Na zakończenie prowadzący wybierają najlepsze prace z danej miejscowości; wybrane zestawy trafiają następnie do prezentacji organizowanej przez instytucję koordynującą projekt. Organizator podaje, że autorzy wyróżnionych prac otrzymują nagrody rzeczowe. Projekt zwykle obejmuje około dziesięciu miejscowości i korzysta z niego około 600 uczestników.